从此以后，小皇帝的生活基本上是受三个人的规范：一个是自己的母亲慈圣李太后，一个是司礼监掌印太监冯保，一个是内阁大学士张居正。
张居正对于小皇帝是无比忠心，有时忠心得有点肉麻。例如，张居正有一次在奏疏中对皇帝说：“今伏荷皇上天语谆谆，恩若父子。”四十岁的张居正将十岁的皇帝比作父亲，倒也有趣。但是，实际上张居正对于小皇帝的辅导和关怀，也是无微不至的。他为皇帝安排了详尽的视朝和讲读的日程表。大至朝廷用人之道，小至宫中的一些小节，张居正都要细细地与皇帝说。
冯保在宫中，被皇帝称作“伴伴”“大伴”。万历小皇帝对于冯保非常畏惧。每次万历小皇帝与小太监玩的时候，看到冯保来了，就正襟危坐，说：“大伴来了。”冯保的职责不但是对皇帝实行一般的教育，有时还要代皇帝朱批。因此，他与张居正之间的联系要紧密一些。实际上，正因为内有冯保，外有张居正，万历初年的新政才能顺利地推行。