在这种宗教狂热和党派倾轧之下，胜利毫无希望，防卫非常困难，最后还是获得有利的和平，这可能要归功于伊斯兰信徒之间的争执，以及他们对腓特烈品格的尊敬。教会的敌人遭到指控：对异教徒保持善意和友好的交往，这种行为不符合一个基督徒的身份；藐视这块不毛之地；纵情于邪恶的思想，曾经信口开河说，如果耶和华见过那不勒斯王国，就不会让他的选民继承巴勒斯坦当作应许之地。然而腓特烈从苏丹手里光复耶路撒冷、伯利恒、拿撒勒、提尔和西顿等地，拉丁人受到允许可以在城市居住和加强防务。他颁布了一部民事和宗教自由平等的法典，适用于耶稣以及穆罕默德的信徒，前者可以在圣墓举行礼拜仪式，后者可以在神圣清真寺祈祷和讲道，[4594]先知从此处开始前往天堂的夜行。教士痛恨这种引起反感的宗教宽容，势力已经衰弱的穆斯林逐渐遭到强制驱离。
十字军东征所有合理的目标在没有流血牺牲的状况下都已达成，教堂被归还或重建，修道院得到人员的补充，在15年的时间里，耶路撒冷的拉丁人数量已经超过6000人。对于这样的和平与繁荣，他们不会感激这位恩主。要等到花剌子模人的入侵（1243 A.D.），和平才宣告结束。这个外来的野蛮游牧民族为了逃避蒙古人的杀戮，带着他们的家人和牲口从里海冲进叙利亚。法兰西人和阿勒颇、霍姆斯以及大马士革的苏丹联合起来，实力还是不足以遏阻这股狂暴的激流。任何人敢站起来抗拒，就被花剌子模人无情地杀死或是拖走成为俘虏。圣地的骑士团在一次会战中几乎全部被歼灭，城市受到劫掠，圣墓受到亵渎，拉丁人这才开始承认并且怀念塞尔柱人和萨拉森人的谦和与戒律。