食物到达胃部后，胃壁肌肉搅动食物使之与胃液（胃液由胃壁分泌）混合，更加充分地分解食物。经过胃部后，食物会通过另一个环行肌来到被称为十二指肠的短管道，十二指肠组成了小肠的起始部分。
小肠壁的肌肉收缩波推动食物向前运动。除了维生素B12是在小肠的末端被吸收外，几乎所有的营养物质都是在小肠的前段被吸收的。食物在小肠中被胆汁（帮助消化脂肪）和一些消化酶所分解。胆汁通过胆囊管从胆囊分泌到小肠内。当需要的时候胆囊就储存和分泌胆汁到小肠内。尽管胆囊能储存和浓缩胆汁但并不能合成胆汁。胆汁由肝脏合成并通过微管网络分泌至胆囊。小肠中帮助胆汁消化食物的酶类来自胰腺和小肠本身的内壁。通过胆汁和消化酶的分解，食物变成微细的颗粒穿过小肠的内壁层并被血流所吸收。
营养物质一旦进入血流中就会被运送至肝脏。在肝脏，一些物质被储存了起来，一些物质被用来合成更复杂的物质，还有一些物质被继续运送到身体的其他部位。营养物质最终被储存在体内每个细胞周围的液体中。细胞需要的时候便利用这些营养物质，把它们吸收进细胞膜内。一旦营养物质进入细胞后，机体会把它们分类并分解，一部分营养物质用来产生能量，其他的则用来合成新的组织和机体化学物质，如各种酶等。